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Dans les semaines qui suivent l’entrée du VIH dans l’organisme, environ 30 % des personnes infectées ressentiront des symptômes semblables à ceux de la grippe ou de la mononucléose (fièvre, céphalée, maux de gorge, rougeurs sur la peau, fatigue, douleurs musculaires, etc.). Cette phase s'appelle la « Primo-infection », ou la première phase. Les symptômes disparaissent d'eux-mêmes sans traitement et l’infection passe alors dans sa deuxième phase. Toutes les personnes infectées (même celles qui n’ont pas de symptômes) fabriquent des anticorps contre le VIH entre trois semaines et six mois (la majorité avant 3 mois) et deviennent ainsi séropositives pour le VIH. Le moment pour passer un test de dépistage du VIH fiable est trois mois après la dernière relation sexuelle que vous considérez à risque.

Le virus peut vivre dans l’organisme pendant de nombreuses années (de 5 à 7 ans en moyenne, mais cette période varie beaucoup d'un individu à l'autre) avant que la maladie n'évolue vers le sida – le virus est dans sa phase de latence. Durant cette phase de latence, on compte deux autres phases : la phase 2 asymptomatique (la personne infectée ne montre aucun signe extérieur de la maladie) et laphase 3 symptomatique (la personne infectée commence à ressentir un ou des symptomes reliés au VIH). La plupart des personnes en phase 2 asymptomatique se sentent bien et n'ont aucun problème physique relié au virus. 

L'infection passe à la phase 4, appelée aussi SIDA, lorsque le patient  commence à ressentir des symptômes reliés à la progression virale. Cette phase se caractérise par un système immunitaire fortement endommagé, ce qui entraîne des infections dites « opportunistes » : pneumonie à Pneumocystis jiroveci (autrefois appelé pneumocystis carinii), envahissement du système digestif par les champignons, sarcome de Kaposi (nodules cutanés de couleur bleue ou brune), lymphome (tumeur des ganglions), manifestations neurologiques, etc.