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Le LGV est difficile à diagnostiquer à l’examen clinique, particulièrement dans les régions du monde où l’incidence est faible. La culture de matériel provenant de la base d’un ulcère (prélèvement de sécrétions à l’aide d’un coton-tige) permet d’identifier le micro-organisme dans seulement 30 % des cas. Pour cette raison, si le statut clinique est évocateur, le diagnostic se fait par dosage des anticorps anti-chlamydiae (test spécifique aux bactéries responsables, effectué à l’aide d’une prise de sang). La sérologie (anticorps dans le sang) devient généralement positive dans les 2 semaines suivant le début de la symptomatologie. Le taux d’anticorps peut rester élevé après le traitement.